Dear Dock Users:<br><br>I am new to Dock6 and I plan to use DOCK to virtual screening a large compound library. (i.e. a subset of ZINC database) Sphere and grid were generated using similar parameters as in the tutorial. After that, I tested a few compounds through the flexible ligand docking protocol with the default parameters. These compounds are randomly picked from ZINC. The docking time (primary grid score only)  ranges from 3 mins to 30 mins per compound, which might be a little too slow for us. (I have tested both on a Linux cluster and a windows PC running cygwin)  The &quot;verbose growth stats&quot; shows most time was spend on grown the ligands, especially the last few layers for compounds with more than 7 rotatable bonds.<br>
<br> As we plan to dock a large compound library, probably we can only afford a speed of 1 to 2 mins per compound. After reading the manual, I tried to change the following three parameters to smaller values:<br>max_orientations                                             500 --&gt; 400<br>
pruning_max_orients                                        100 --&gt; 50<br>pruning_clustering_cutoff                                  100 --&gt; 50<br> <br><br>In this case docking does become faster, but still cost us more than 5~10 mins for most compounds. I can change the value to even smaller but I am not so sure how far I can go for this without sacrificing too much on accuracy . So my question is:  <br>
<br>1. With the default parameters for  flexible docking, is my time (3 mins ~ 30 mins per compound ) normal for DOCK6? <br><br>2. Are there any recommended parameters for screening a large compound library? Or if anyone has done this before, would you mind to share your parameters?<br>
<br><br>Thank you <br><br><br>Cen <br> <br>