Hi Sudipto:<br><br>Thanks for the email. I have tried to set  &quot;num_scored_conformer&quot; to 3 and &quot;write_conformations&quot; to No before, but it still generated only one pose per molecule to prefix_scored.mol2, while never wrote anything to prefix_confomer.mol2. May I ask whether this setting works differently on your version of DOCK?  (I am using DOCK6.4, compiled with GCC4.1)  Or are there any parameters I should set?<br>
<br>If I set write_conformations to yes, it was able to write 1 pose to prefix_scored.mol2 and 3 poses per molecule into prefix_confomer.mol2 as expected. But again it works in serial version of DOCK only, but refuses to run in parallel.<br>
<br><br>Thanks<br><br><br>Cen<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 15, 2010 at 5:21 PM, Sudipto Mukherjee <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sudmukh@yahoo.com">sudmukh@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;">Hi Cen,<br><br>As you mentioned in your email, the &quot;num_scored_conformer&quot; is the parameter you want to use. <br>Set this to 3 as you wish. <br>
Set &quot;write_conformations&quot; as no. By default this is yes. The naming convention is a bit confusing here, I admit. The write_conformations parameter writes out partial conformers in a separate conformers.mol2 Setting this parameter to yes is what geenrates the ERROR about filling up the disk during mpi runs. <br>
<br>Now you should have a maximum of 3 conformers for each molecule screened. <br><div> </div><font size="2"><span style="font-family: tahoma,new york,times,serif;">Regards<br>Sudipto Mukherjee<br></span></font><font size="2"><span style="font-family: tahoma,new york,times,serif;"><span style="font-style: italic; color: rgb(82, 83, 48);">Graduate Student,
 Robert C. Rizzo Lab</span><br style="font-style: italic; color: rgb(82, 83, 48);"><span style="font-style: italic; color: rgb(82, 83, 48);">Dept. of Applied Math &amp; Statistics, Stony Brook University</span></span></font><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;">
<br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Cen Gao &lt;<a href="mailto:cengao@gmail.com" target="_blank">cengao@gmail.com</a>&gt;<br>
<b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> <a href="mailto:Dock-fans@mailman.docking.org" target="_blank">Dock-fans@mailman.docking.org</a><br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tue, July 13, 2010 12:13:53 PM<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [Dock-fans] Write multiple conformations during parallel processing<br></font><div><div></div><div class="h5"><br>
Dear Dock fans:<br><br>May I ask is it possible for DOCK to write out the top N conformers for each molecule it processed during the parallel docking run? The manual states that this feature is only available to serial version of DOCK to &quot;protect against filling up the disk&quot;, as &quot;in conformer.mol2, the number of
molecules in the output file will be equal to the database size * the
number of anchors per molecule * the number of conformations that pass
the final pruning stage * the number of conformers per cycle.&quot;  <br><br>But if I understand it right, this conformer number should not be that huge as it is something we can control using the keyword &quot;num_scored_conformer&quot; (in the case of primary_score only), right?  As long as I set this keyword to a smaller value, say 3 or 5, it will only write 3 or 5 poses per molecule, which will not be a problem in case of the file size. Did I miss something here?<br>

<br><br>Thanks<br><br>Cen<br><br>
</div></div></div></div>
</div><br>

      </div></blockquote></div><br>