<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif">

<div> Yes.&nbsp; Also, if you are using UCSF chimera<font><font size="2" color="black">, I believe that</font></font> dockprep will do so automatically. <br>

</div>



<div> <br>
Good luck,<br>
<br>

</div>



<div style="clear: both;">Trent E. Balius<br>

Graduate Student, Rizzo Group,<br>

Department of Applied Mathematics and Statistics,<br>

Stony Brook University.<br>

Office: Math Tower 3-129, Phone: (631) 632-8519<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">URL: 
http://www.ams.sunysb.edu/~tbalius/</font></font><br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family: arial,helvetica; font-size: 10pt; color: black;">-----Original Message-----<br>

From: Mohd Afiq Hazlami &lt;afikolami@gmail.com&gt;<br>

To: dock-fans@mailman.docking.org<br>

Sent: Wed, Sep 15, 2010 3:56 pm<br>

Subject: [Dock-fans] Selenomethionine<br>

<br>








<div id="AOLMsgPart_3_1c5c67fe-3748-4a23-97f9-95730b04bfb2">

Hi, should I change the selenomethionine to methionine before adding hydrogens and charges to the protein? Thanks.<br clear="all"><br>

-- <br>

&nbsp; &nbsp; The Blackest Night falls from the skies,<br>

&nbsp; &nbsp; The darkness grows as all light dies,<br>


&nbsp; &nbsp; We crave your hearts and your demise,<br>

&nbsp; &nbsp; By my black hand--The dead shall rise! <br>



</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_3_1c5c67fe-3748-4a23-97f9-95730b04bfb2 -->



<div id="AOLMsgPart_4_1c5c67fe-3748-4a23-97f9-95730b04bfb2" style="margin: 0px; font-family: Tahoma,Verdana,Arial,Sans-Serif; font-size: 12px; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>_______________________________________________
Dock-fans mailing list
<a __removedlink__778715636__href="mailto:Dock-fans@mailman.docking.org">Dock-fans@mailman.docking.org</a>
<a __removedlink__778715636__href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_4_1c5c67fe-3748-4a23-97f9-95730b04bfb2 -->

</div>

</font></font>