<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">

<div> <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">Hi Marco,<br>

    <br>

One approach to sample this distorted torsion is to modify the flex.defn and the flex_drive.tbl files.<br>

    <br>

See the following:<br>

http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#flexdefn<br>

  </font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#flex_drivetbl</font></font><br>
In addition consult the following:<br>
http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2010-May/002360.html<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br>

Excerpt from </font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">flex.defn:</font></font><br>

name sp3-sp3 <br>





drive_id 3 <br>





minimize 1 <br>





definition .3 [ 3 H ] [ 3 O.co2 ] <br>





definition .3 [ 3 H ] [ 3 O.co2 ] <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br>

    <br>

Here you can see the the flexible definition file specifies a torsion angle and gives the drive type (drive_id). <br>

    <br>

  </font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">Excerpt from </font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">flex_drive.tbl</font></font><br>

drive_id 3 <br>





positions 3 <br>





torsions -60 60 180 <br>

<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">

<div> <br>

Here you can see that the flexible drive table specifies the angle to be sampled for the drive type.<br>

<br>

You should modify the <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">flex.defn to have an entry for the olefine bond and use of create an appropriate </font></font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">entry </font></font></font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">in the</font></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> </font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">flex_drive.tbl file.<br>

  <br>
</font></font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">You may want to also verify that your small molecule mol2 file has the correct hybridization and protonation.&nbsp; </font></font></font><br>
<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br>

I hope this helps,<br>

</font></font>
</div>
</font>
</div>



<div> <br>

</div>



<div style="clear:both">Trent E. Balius<br>

Graduate Student, Rizzo Group,<br>

Department of Applied Mathematics and Statistics,<br>

Stony Brook University.<br>

Office: Math Tower 3-129, Phone: (631) 632-8519<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">URL: 
http://www.ams.sunysb.edu/~tbalius/</font></font><br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Marco &lt;marco@chimfarm.unipg.it&gt;<br>

To: dock-fans@mailman.docking.org<br>

Sent: Fri, Jun 10, 2011 8:43 am<br>

Subject: [Dock-fans] Distorted bond Angles<br>

<br>









<div id="AOLMsgPart_0_e1746522-d8ac-4cc4-ae42-97029bf19a54" style="margin: 0px;font-family: Tahoma, Verdana, Arial, Sans-Serif;font-size: 12px;color: #000;background-color: #fff;">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>Hi all!
I'm a new dock user. Following the tutorial I've performed docking studies
on my target. I'm actually docking a small molecule with a cinnamic acid
moiety in a flexible way. Unfortunately the olefine bond in the docking
solution is distorted in an unnatural manner. To overcome this problem I can
dock in the rigid way the conformers of my small molecule, but I'd like to
know if there is a way to set manually as rigid bond some bonds of my
molecule.

Any advice is very appreciated. 
Thank you.

Marco 


----
Marco Cellanetti, 
PhD Student.
Bachelor Degree in Medicinal Chemistry and Technology of Drugs

University of Perugia
Department of Medicinal Chemistry and Drug's Technology
Via del Liceo, 1 - 06123 Perugia (Italy)
Tel ++39 075 585 5169/5114




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Message sent using Telaen Webmail 1.2.0

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Dock-fans mailing list
<a __removedlink__1760608458__href="mailto:Dock-fans@mailman.docking.org">Dock-fans@mailman.docking.org</a>
<a __removedlink__1760608458__href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_0_e1746522-d8ac-4cc4-ae42-97029bf19a54 -->



</div>

</font></font>