<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">

<div> <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">Hi Bartosz,<br>

    <br>

  </font></font>The<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">re
 are many potential reasons for a segmentation fault error in dock.&nbsp; My 
understanding is that a segmentation fault occurs when the program 
attempts to use unallocated memory causing the variable to be truncated 
when copying or removing the variable.&nbsp;&nbsp; <br>

<br>

This often occurs when the input is unexpected.&nbsp; </font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">For example:</font><br>

<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">(1) File names are too long. See: http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2011-January/002472.html<br>

(2) The input files (like multimol2) is not in expected format.<br>

etc.<br>

  <br>

Step #1:&nbsp; use the verbose flag and examine the growth statistics and see where the molecule is failing.&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; Compare with molecules the succeed.<br>

&nbsp;&nbsp; See: http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#GrowthTreeAndStatistics<br>

Step #2:&nbsp; See if the molecules that are failing have any thing in common;&nbsp; Like they all contain a specific atom type. <br>

  <br>


<div> I hope this helps,</div>
</font>
</div>



<div> <br>

</div>



<div style="clear:both">Trent E. Balius<br>

Graduate Student, Rizzo Group,<br>

Department of Applied Mathematics and Statistics,<br>

Stony Brook University.<br>

Office: Math Tower 3-129, Phone: (631) 632-8519<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">URL: 
http://www.ams.sunysb.edu/~tbalius/</font></font><br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Bartosz Siemiński &lt;sieminb@yahoo.pl&gt;<br>

To: dock-fans@mailman.docking.org<br>

Sent: Wed, Jun 22, 2011 6:58 am<br>

Subject: [Dock-fans] segmentation fault<br>

<br>









<div id="AOLMsgPart_3_1a5ad640-cde8-4efd-9a9f-3b9264114353">

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">Hi all.

<div>Seems like I need your help. I wanted to re-dock ligands from different runs of DOCK Blaster, using DOCK6.4. I got my results for one set of 50 molecules. For another (using the same parameters), I got "segmentation fault" error. I noticed, that only some of those molecules were causing this problem, so I successfully docked the rest. For those "problematic" ones I adjusted many parameters trying to dock them anyway: grid size/spacing, enlarging sphere cluster, min_anchor_size, max_ligand_orientation, etc. I scouted dock-fans archive, found that contact score might be the problem, got rid of this scoring method - it didn't help.</div>



<div>I even made same tests on a different linux distribution just to make sure it's not the case (latest Ubuntu and Fedora releases).<br>



<div>

<div><br>

</div>



<div>Please tell me whats the possible/probable cause of this
 error (even if there are many).</div>

</div>

</div>



<div><br>

</div>



<div>Thanks in advance,</div>



<div><br>

</div>



<div>Bartosz Siemiński</div>

</td></tr></tbody></table>

</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_3_1a5ad640-cde8-4efd-9a9f-3b9264114353 -->



<div id="AOLMsgPart_4_1a5ad640-cde8-4efd-9a9f-3b9264114353" style="margin: 0px;font-family: Tahoma, Verdana, Arial, Sans-Serif;font-size: 12px;color: #000;background-color: #fff;">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>_______________________________________________
Dock-fans mailing list
<a __removedlink__1465394147__href="mailto:Dock-fans@mailman.docking.org">Dock-fans@mailman.docking.org</a>
<a __removedlink__1465394147__href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>

 <!-- end of AOLMsgPart_4_1a5ad640-cde8-4efd-9a9f-3b9264114353 -->



</div>

</font></font>