Hi,<br><br>I have to include the cofactor GTP as part of my receptor protein and dock with a ligand. But chimera is not allowing to prepare rec_charged.mol2 file since it fails at finding amibcc charge method for GTP residue. Then i separately prepared the mol2 file for GTP (using gtp.prep and gtp.frcmod) and after performing dockprep on the receptor i opened the GTP.mol2 file in the same window and write the mol2 file. but again at grid generation it fails &quot;Reading in coordinates of receptor.<br>
WARNING assign_vdw_labels: Atom valence violated for 1SA0.pdb (combined) **** GTP 848 C8 13145.<br>Error reading in receptor.&quot;<br><br>how can i solve this situation. <br clear="all"><br>thanking you<br>-- <br>Mary Varughese<br>
Research Scholar<br>School of Pure and Applied Physics<br>Mahatma Gandhi University<br>India<br><br>