<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On May 22, 2012, at 12:09 AM, Mary Varughese wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi,<br><br>I have installed the new chimera release 1.6.1 and the initial setups like preparing rec_charged .mol2 file went fine. But on grid generation it fails with the same error message<br>Reading in coordinates of receptor.<br>
WARNING assign_vdw_labels: Atom valence violated for 1SA0.pdb **** GTP 847 C8 6523.<br>Error reading in receptor." The number of atoms in GTP are the same as in the gtp.prep of the database. I dont understand where does the valency violated.<br></blockquote><div><br></div>Hi Mary,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>This is an error from DOCK. &nbsp;I have cc'ed dock-fans on this so that someone there can reply, since I have no idea myself. &nbsp;Certainly if the complaint is about atom C8 in GTP in 1SA0, the valence of GTP C8 (as prepared by Chimera) looks fine to me.</div><div><br><blockquote type="cite">Also did anyone knows where the gtp contributed values are stored in the chimera folders.<br></blockquote><div><br></div><div>The charges and atom types for GTP are stored in &lt;your Chimera installation&gt;/share/AddCharge/dict.py. &nbsp;These are the only GTP-specific values stored by Chimera.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><blockquote type="cite">On Sat, May 19, 2012 at 2:47 PM, Mary Varughese <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:maryvj1985@gmail.com" target="_blank">maryvj1985@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">thank you. i will try it.<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, May 18, 2012 at 11:27 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="border-left:1px solid rgb(204,204,204);margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex" class="gmail_quote">
<div style="word-wrap:break-word">Hi Mary, 
<div><span style="white-space:pre-wrap"></span>At the time that old chimera-users message was written, the GTP-lookup charges were only available in daily builds. &nbsp;They are now available in the 1.6.1 production release. &nbsp;You can download that release by going to the Chimera home page (<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera%29" target="_blank">www.cgl.ucsf.edu/chimera)</a> and following the "Download" link. &nbsp;You should also be able to get there by starting up your 1.5.3 version and in its Help menu choose "Check for Updates". &nbsp;There will be a button to take you to the download page on the resulting dialog.</div>

<span><font color="#888888">
<div><br></div>
<div>--Eric</div></font></span>
<div>
<div>
<div><br>
<div>
<div>On May 17, 2012, at 10:49 PM, Mary Varughese wrote:</div><br>
<blockquote type="cite">I have used gtp prep and frcmod files from the database<pre><i><i>"&lt;<a href="http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/" target="_blank">http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber/</a>&gt;"</i></i></pre>

and using leap in AMBER created the .mol2 file. After using dockprep tool i loaded the gtp.mol2(containing charges) and write the combined rec_charged.mol2 file. and continue the the steps but at the grid generation step it fails saying "Reading in coordinates of receptor.<br>


<blockquote type="cite">WARNING assign_vdw_labels: Atom valence violated for 1SA0.pdb (combined)<br></blockquote>**** GTP 848 C8 13145."<br><br>I am using chimera 1.5.3<br><br>Also i didnt see any 1.6.1 release. what are these daily builds. How they are applied.<br>

<br>Infact my problem is that my ligand on docking occupies the GTP binding site. So i want to try with gtp included receptor so that it takes another suitable position.<br><br>Thanking you<br><br><br><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, May 18, 2012 at 2:15 AM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="border-left:1px solid rgb(204,204,204);margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;padding-left:1ex" class="gmail_quote">
<div style="word-wrap:break-word">Yes, if you use the 1.6.1 release of Chimera, GTP is treated as a "standard" residue in that Chimera knows what the charges are for each atom without having to call antechamber to compute them (that computation typically fails with highly negatively charged molecules like GTP). 
<div><br></div>
<div>--Eric</div><span><font color="#888888">
<div><br></div>
<div>
<div style="word-wrap:break-word;font-size:16px">
<div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen</font></div>
<div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab</font></div>
<div style="margin:0px"><font style="font:16px Helvetica" face="Helvetica" size="5">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div></div></div></font></span>
<div>
<div>
<div><br>
<div>
<div>On May 17, 2012, at 12:50 PM, Scott Brozell wrote:</div><br>
<blockquote type="cite">
<div>Hi,<br><br>On Wed, May 16, 2012 at 03:22:11PM +0530, Mary Varughese wrote:<br>
<blockquote type="cite">I have to include the cofactor GTP as part of my receptor protein and dock<br></blockquote>
<blockquote type="cite">with a ligand. But chimera is not allowing to prepare rec_charged.mol2 file<br></blockquote>
<blockquote type="cite">since it fails at finding amibcc charge method for GTP residue. Then i<br></blockquote>
<blockquote type="cite">separately prepared the mol2 file for GTP (using gtp.prep and gtp.frcmod)<br></blockquote>
<blockquote type="cite">and after performing dockprep on the receptor i opened the GTP.mol2 file in<br></blockquote>
<blockquote type="cite">the same window and write the mol2 file. but again at grid generation it<br></blockquote>
<blockquote type="cite">fails "Reading in coordinates of receptor.<br></blockquote>
<blockquote type="cite">WARNING assign_vdw_labels: Atom valence violated for 1SA0.pdb (combined)<br></blockquote>
<blockquote type="cite">**** GTP 848 C8 13145.<br></blockquote>
<blockquote type="cite">Error reading in receptor."<br></blockquote><br>Which version of chimera are you using ?<br>There was some recent activity for GTP but using Gasteiger charges:<br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-October/006846.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-October/006846.html</a><br>

<br>Are you saying that you ran antechamber separately from chimera<br>and got the am1bcc charges for gtp ?<br><br>scott</div></blockquote></div></div><br><br></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>
-- <br>
Mary Varughese<br>Research Scholar<br>School of Pure and Applied Physics<br>Mahatma Gandhi University<br>India<br><br></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Mary Varughese<br>

Research Scholar<br>School of Pure and Applied Physics<br>Mahatma Gandhi University<br>India<br><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Mary Varughese<br>Research Scholar<br>School of Pure and Applied Physics<br>Mahatma Gandhi University<br>India<br><br>
</blockquote></div><br></body></html>