Hi Scott,<div><br></div><div>I checked the results which gave rec_lig_final_pose.pdb (but only for 1/100 ligand conformations), somehow I guess the process might have done for the 1st ligand conformations, isnt it?</div><div>
I ran with the verbose flag [-v], and below is what I got from the <i>dock.out</i>. This is one part of the file I took, and the rest of the file contains similar those lines of calculations. Does that mean the calculation of complex energy is not completed? Otherwise, I did not find any other errors, but just 1 warning in the &quot;<i>amberize_complex.lig.out&quot; </i>saying <i>&quot;the unperturbed charge of the unit: 6.000400 is not zero&quot;. </i>Is this the point that caused the problem?</div>
<div><i><br></i></div><div>Please help take a look. Thank you.</div><div><br></div><div>Chinh</div><div><br></div><div><br></div><div><div><i>************************************** </i></div><div><i>Computing the complex energy:</i></div>
<div><i><br></i></div><div><i>Minimization reached the maximum number of iterations.</i></div><div><i>The random number is 1454538876</i></div><div><i>Minimization reached the maximum number of iterations.</i></div><div><i>Done computing the complex energy.</i></div>
<div><i><br></i></div><div><i><br></i></div><div><i>Energy of the complex rec_noH.lig_contact_conformers100.1 is -5854.28451647    </i></div><div><i>Energy of the receptor rec_noH is -5755.07373593    </i></div><div><i>Energy of the ligand lig_contact_conformers100.1 is -92.2159391818    </i></div>
<div><i><br></i></div><div><i><br></i></div><div><i>Reading the ligand lig_contact_conformers100.1 input files.</i></div><div><i><br></i></div><div><i>Number of ligand strands is 1</i></div><div><i>Number of ligand residues is 1</i></div>
<div><i>Number of ligand atoms is 76</i></div><div><i><br></i></div><div><i>Reading the complex rec_noH.lig_contact_conformers100.1 input files.</i></div><div><i>Number of complex strands is 3</i></div><div><i>Number of complex residues is 199</i></div>
<div><i>Number of complex atoms is 3210</i></div><div><i><br></i></div><div><i>************************************** </i></div><div><i>Computing the ligand energy:</i></div><div><i><br></i></div><div><i>Minimization reached the maximum number of iterations.</i></div>
<div><i>The random number is 1454538876</i></div><div><i>Minimization reached the maximum number of iterations.</i></div><div><i>Done computing the ligand energy.</i></div><div><i><br></i></div><div><i><br></i></div><div>
<i>************************************** </i></div><div><i>Computing the complex energy:</i></div><div><i><br></i></div><div><i> -124.41      0.00    -42.86  1.45e+01</i></div><div><i>ff:  74    -50.97    111.78      4.52   -124.37      0.00    -42.90  1.66e+01</i></div>
<div><i>ff:  75    -50.39    112.37      4.47   -124.16      0.00    -43.06  1.75e+01</i></div><div><i>ff:  76    -54.20    108.63      4.32   -123.86      0.00    -43.29  1.65e+01</i></div><div><i>ff:  77    -59.48    103.47      4.16   -123.58      0.00    -43.53  1.44e+01</i></div>
<div><i>ff:  78    -61.71    101.46      3.93   -123.39      0.00    -43.70  1.33e+01</i></div><div><i>ff:  79    -59.40    104.00      3.68   -123.33      0.00    -43.75  1.43e+01</i></div><div><i>ff:  80    -55.42    108.22      3.39   -123.38      0.00    -43.65  1.57e+01</i></div>
<div><i>md:          80      0.080      35.29     -55.42     -20.13     155.79</i></div><div><i>ff:  81    -53.36    110.47      3.08   -123.53      0.00    -43.38  1.63e+01</i></div><div><i>ff:  82    -53.88    110.15      2.76   -123.69      0.00    -43.11  1.59e+01</i></div>
<div><i>ff:  83    -54.51    109.72      2.46   -123.83      0.00    -42.87  1.56e+01</i></div><div><i>ff:  84    -52.68    111.76      2.17   -123.87      0.00    -42.74  1.65e+01</i></div><div><i>ff:  85    -49.55    115.13      1.88   -123.84      0.00    -42.71  1.79e+01</i></div>
<div><i>ff:  86    -48.65    116.31      1.63   -123.79      0.00    -42.80  1.85e+01</i></div><div><i>ff:  87    -51.85    113.38      1.44   -123.73      0.00    -42.95  1.77e+01</i></div><div><i>ff:  88    -57.38    108.16      1.36   -123.75      0.00    -43.15  1.58e+01</i></div>
<div><i>ff:  89    -61.16    104.68      1.38   -123.88      0.00    -43.33  1.44e+01</i></div><div><i>ff:  90    -60.86    105.18      1.52   -124.15      0.00    -43.41  1.47e+01</i></div><div><i>md:          90      0.090      41.54     -60.86     -19.32     183.38</i></div>
<div><i>ff:  91    -58.21    107.89      1.77   -124.50      0.00    -43.37  1.59e+01</i></div><div><i>ff:  92    -56.43    109.58      2.10   -124.84      0.00    -43.26  1.66e+01</i></div><div><i>ff:  93    -57.03    108.69      2.46   -125.12      0.00    -43.06  1.62e+01</i></div>
<div><i>ff:  94    -58.15    107.17      2.80   -125.24      0.00    -42.87  1.56e+01</i></div><div><i>ff:  95    -57.50    107.34      3.06   -125.17      0.00    -42.73  1.57e+01</i></div><div><i>ff:  96    -54.50    109.88      3.25   -124.95      0.00    -42.68  1.68e+01</i></div>
<div><i>ff:  97    -51.89    112.11      3.38   -124.63      0.00    -42.74  1.75e+01</i></div><div><i>ff:  98    -52.43    111.29      3.47   -124.31      0.00    -42.88  1.71e+01</i></div><div><i>ff:  99    -55.11    108.41      3.51   -124.04      0.00    -42.99  1.60e+01</i></div>
<div><i>ff: 100    -56.56    106.85      3.53   -123.92      0.00    -43.02  1.58e+01</i></div><div><i>md:         100      0.100      38.64     -56.56     -17.92     170.57</i></div></div><div><br></div><div><br></div><div>
<br></div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 26, 2013 at 3:02 AM, Scott Brozell <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sbrozell@rci.rutgers.edu" target="_blank">sbrozell@rci.rutgers.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Chinh,<br>
<br>
Depending on the outputs of interest to you,<br>
you can continue the Amber score run; for example, you could<br>
prune all the already calculated and attempted conformations from<br>
the input .mol2 file.  However, that would affect the contents of<br>
the outputed .mol2 files.<br>
<br>
The best practice is to determine the cause of the failure.<br>
Have you inspected the Dock Amber score files produced during preparation ?<br>
This link gives advice:<br>
<a href="http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#AmberScorePreparationScripts" target="_blank">http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#AmberScorePreparationScripts</a><br>
Note that this is the most likely source of error.<br>
<br>
Have you inspected the Dock Amber score output ?<br>
If there are no clues here, such as error or warning messages, then<br>
try running with the verbose flag, -v.<br>
<br>
scott<br>
<div class="im"><br>
On Mon, Mar 25, 2013 at 07:04:57PM +0800, Chinh Su Tran To wrote:<br>
&gt; I was running DOCK for calculating amber_scores for 100 conformations<br>
</div>&gt; results from DOCK_contact_score. The process was fine, *no error*, but it<br>
<div class="im">&gt; was terminated abruptly.<br>
&gt; The results contain 3 files, 2 out of which (i.e. conformers.mol2 and<br>
&gt; ranked.mol2) are empty. That&#39;s obvious because the process was unfinished.<br>
&gt; I guess that&#39;s memory involved or kind of. Am I wrong? Please correct me.<br>
&gt;<br>
&gt; My question is only that if it is possible to continue the DOCK_amber_score<br>
&gt; run with what it left off as we can do with MD. I checked the<br>
</div>&gt; *dock.out*and it shows a lot of values (around more than 112,000<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">&gt; lines) and<br>
&gt; incomplete.<br>
&gt; Please show me how to continue the run if it is applicable.<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>