<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:13px"><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3798" dir="ltr"><span>Hi Amr,</span></div><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3798" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3798" dir="ltr">Try redocking those four complexes without the bump filter. From the verbose dock output, it looks like a lot of your partially grown conformers were pruned by the bump filter.&nbsp;</div><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3798" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3798" dir="ltr">We typically use &lt; 100 spheres in the binding site. Is there a reason why you are using so many spheres? Despite starting with so many spheres and consequently a very large number of cliques during anchor orienting, the flexible docking calculation stage starts with only 23,10 and 9 anchor orients for each anchor after clustering.&nbsp;</div><div></div><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3808">&nbsp;</div><div class="signature" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3810"><div id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3809"><font size="2" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_4662"><span style="font-family:tahoma, 'new york', times, serif;" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_4661">Regards<br>Sudipto Mukherjee, PhD</span></font><div style="color:rgb(34, 34, 34);font-family:arial, sans-serif;" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3818"><div style="color:rgb(136, 136, 136);" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3817">Dept. of Chemistry, Temple University</div></div><div style="font-family:arial, sans-serif;color:rgb(136, 136, 136);" id="yui_3_16_0_1_1415027178341_3819">1901 N 13th St, Philadelphia, PA 19122</div></div></div> <div class="qtdSeparateBR"><br><br></div><div class="yahoo_quoted" style="display: block;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 13px;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 16px;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> On Monday, November 3, 2014 5:26 AM, #AMR ALI MOKHTAR ALHOSSARY# &lt;AMRA0001@e.ntu.edu.sg&gt; wrote:<br> </font> </div>  <br><br> <div class="y_msg_container"><div id="yiv3627701926">

 
 
<style><!--
#yiv3627701926  
 _filtered #yiv3627701926 {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
 _filtered #yiv3627701926 {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
 _filtered #yiv3627701926 {font-family:"Baskerville Old Face";panose-1:2 2 6 2 8 5 5 2 3 3;}
#yiv3627701926  
#yiv3627701926 p.yiv3627701926MsoNormal, #yiv3627701926 li.yiv3627701926MsoNormal, #yiv3627701926 div.yiv3627701926MsoNormal
        {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:"Calibri", sans-serif;}
#yiv3627701926 a:link, #yiv3627701926 span.yiv3627701926MsoHyperlink
        {color:#0563C1;text-decoration:underline;}
#yiv3627701926 a:visited, #yiv3627701926 span.yiv3627701926MsoHyperlinkFollowed
        {color:#954F72;text-decoration:underline;}
#yiv3627701926 span.yiv3627701926EmailStyle17
        {font-family:"Calibri", sans-serif;color:windowtext;}
#yiv3627701926 .yiv3627701926MsoChpDefault
        {font-family:"Calibri", sans-serif;}
 _filtered #yiv3627701926 {margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
#yiv3627701926 div.yiv3627701926WordSection1
        {}
--></style>

<div>
<div class="yiv3627701926WordSection1">
<div class="yiv3627701926MsoNormal">Hi</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal">While docking PDBbind 2014 core collection, four of the receptor-ligand complexes failed to find a suitable conformation, using the same parameter value of the application tutorial.</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"> &nbsp;</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal">Even after relaxing the parameters: min_anchor_size to 6, max_orientations to 50000, pruning_max_orients to 1000, pruning_clustering_cutoff to 25; four complexes fail to find any suitable conformations. They are namely 3PWW, 1NVQ, 2PQ9,
 2YGE.</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"> &nbsp;</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal">May I have any recommendations?</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal">I am attaching the output of one of them for your reference.</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"> &nbsp;</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal">Amr</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"> &nbsp;</div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><span lang="EN-US" style=""> &nbsp;</span></div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><b><span style="font-size:13.0pt;color:#7030A0;">Best Regards,&nbsp;<br>
Amr AL-HOSSARY</span></b><span style="font-size:12.0pt;">
</span></div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;"> &nbsp;</span></div> 
<table class="yiv3627701926MsoTableGrid" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="width:100.0%;border-collapse:collapse;border:none;">
<tbody>
<tr>
<td width="12%" valign="top" style="width:12.52%;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;">
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;"><img width="150" height="60" id="yiv3627701926Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01CFF792.470A0A80" alt="http://www3.ntu.edu.sg/exchange/outlook2007/composeandsendmsg/ntulogofit2.gif"></span></div> 
</td>
<td width="87%" valign="top" style="width:87.48%;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;">
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">Amr Ali AL-HOSSARY&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;</span><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;&nbsp;</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">Ph.D.
 Student&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">International
 PhD program in Computational Biology and Bioinformatics&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:12.0pt;">
</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">School of Computer Engineering&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;</span><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;&nbsp;</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">Nanyang
 Technological University&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">Singapore&nbsp;(GMT+8)
</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;&nbsp;</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:#984806;">Email:</span></b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;&nbsp;</span><span style=""><a rel="nofollow" ymailto="mailto:aalhossary@pmail.ntu.edu.sg" target="_blank" href="mailto:aalhossary@pmail.ntu.edu.sg"><span style="font-size:8.0pt;color:navy;">aalhossary@pmail.ntu.edu.sg</span></a></span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">
</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:red;">|</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:#984806;">Mobile:</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">&nbsp;</span></b><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;">+65-94572816</span></b><span style="font-size:8.0pt;">
</span><b><span style="font-size:8.0pt;color:black;"></span></b></div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;"> &nbsp;</span></div> 
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div class="yiv3627701926MsoNormal"><span style=""> &nbsp;</span></div> 
<div class="yiv3627701926MsoNormal"> &nbsp;</div> 
</div>
</div>
</div><br>_______________________________________________<br>Dock-fans mailing list<br><a ymailto="mailto:Dock-fans@docking.org" href="mailto:Dock-fans@docking.org">Dock-fans@docking.org</a><br><a href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a><br><br><br></div>  </div> </div>  </div> </div></body></html>