<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'>

<div> <font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><font size="2">Sorry I pointed you the wrong, but still relevant, paper. <br>
<br>
Here is the paper on coloring spheres:<br>
</font></font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"><font size="2">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7504257?dopt=Abstract</font></font><br>

</div>
<br>
<font size="2">I hope this helps,<br>
<br>
Trent<br>
</font>
<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Trent E. Balius &lt;tbalius@aol.com&gt;<br>

To: mirandaisbest &lt;mirandaisbest@gmail.com&gt;; dock-fans &lt;dock-fans@docking.org&gt;<br>

Sent: Wed, Dec 3, 2014 1:38 pm<br>

Subject: Re: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>

<br>






<div id="AOLMsgPart_1_3c935d17-e8be-4c34-9c1d-e7963536ca2f">
<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2">



<div> <font size="2">Hi </font>Yi<font size="2">,<br>


<br>


Q1:<br>


Yes, dock uses an united-atom (no non-polar hydrogen) amber force </font><font size="2"><font size="2">field</font> file for the receptors. <br>


I think that it is based on a force field from the 90's. <br>


<br>


Q2:<br>


Yes, you can get the parameters from the amber force field files but will need to put them in the dock format.<br>


<br>


Q3:<br>


No. you will need to modify both of the files:<br>


</font><font size="2">prot.table.ambcrg.ambH<br>


</font>vdw.parms.amb.mindock<br>



</div>







<div> <br>


<font size="2">Q4: <br>


I think that it is ok, just a warning.&nbsp; Is that the charge you expect for </font><font size="2">MN?&nbsp; I think so. <br>


<br>


Q5:<br>


DOCK 3.6 papers:<br>


<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20735049" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20735049</a><br>


<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22716043" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22716043</a><br>


<br>


Paper on coloring spheres: <br>


<a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.540130311/abstract" target="_blank">http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.540130311/abstract</a><br>


<br>


You can color your spheres. there is a perl script that does this in the distribution.&nbsp; <br>


Coloring is based on receptor environment. <br>


<br>


I would say that DOCK orienting is shape matching, <br>


However, if you color your spheres, then it is pharmacophore-like shape matching. &nbsp; <br>


<br>


<br>


I hope that this helps,<br>


<br>


Trent<br>


</font><br>


<br>



</div>







<div style="clear:both">======================================<br>



Trent E. Balius, PhD<br>



Postdoc, Shoichet Lab, <br>



Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>



<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>



</font></a>URL: <a href="http://docking.org/~tbalius" target="_blank">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>



======================================<br>



</div>







<div> <br>



</div>







<div> <br>



</div>







<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>



From: Yi Shang &lt;<a href="mailto:mirandaisbest@gmail.com">mirandaisbest@gmail.com</a>&gt;<br>



To: dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>



Sent: Wed, Dec 3, 2014 9:52 am<br>



Subject: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>



<br>










<div id="AOLMsgPart_2_3e4af222-e236-4b4e-a85c-41a0d6d46759">




<div dir="ltr">Hi All,



<div>I wanted to use DOCK3.6 to screen small ligand database. My receptor contains protein, DNA, RNA, and ions.&nbsp;</div>







<div><br>



</div>







<div><br>



</div>







<div>In&nbsp;grids/prot.table.ambcrg.ambH there are no parameters for DNA and RNA. I found some info online on adding non-standard residue into the prot.table file</div>







<div><a target="_blank" href="http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation">http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation</a><br>



</div>







<div>, but I am not sure if this is the way to add parameters for nucleic acids and ions.&nbsp;<br>



</div>







<div><br>



</div>







<div>1. Is DOCK3.6 using amber force field? Which protein/ion force field it is using?</div>







<div>2. Can I copy and paste amber nuclei acid parameters to prot.table directly?&nbsp;</div>







<div>3. For each non-standard residue, is prot.table.ambcrg.ambH the only file I need to modify?&nbsp; I see vdw.parms.amb.mindock is also used for grid generation.



<div>4.&nbsp; The MN ion was read in successfully, but I saw warning in delphi.log</div>







<div>"!!! WARNING: &nbsp;MN 300 has a net charge of &nbsp; 2.0000", Should I be worried? MN having charge of 2 seems fine to me.</div>







<div><br>



</div>







<div>5. Which is the original paper describing DOCK3.6 algorithms? I was wondering if ligand sphere generation takes into account the ligand atom type. For the ligand docking is it shape matching or pharmacophore matching?</div>







<div><br>



</div>







<div>Thank you !</div>







<div><br>



</div>







<div><br>



</div>



-- <br>







<div>



<div dir="ltr">



<div>Yi &nbsp;Shang, &nbsp; Ph.D.</div>








<div>postdoctoral research associate</div>







<div>Icahn School of Medicine at Mount Sinai</div>







<div><h3 style="font-size:medium;font-weight:normal;margin:0px;padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><br>



</h3>



<div><br>



</div>







<div style="margin:0px;min-height:40px;padding-left:9px;padding-right:4px;width:28px;outline:none;font-size:small;line-height:15px">



<div style="border-top-width:1px;border-bottom-width:1px;border-left-width:1px;border-style:solid none solid solid;border-top-color:transparent;border-bottom-color:transparent;border-left-color:transparent;border-radius:2px">



<div style="min-height:13px;margin-left:6px;width:15px;background-image:url(https://www.google.com/images/nav_logo123.png)"></div>



</div>



</div>







<div style="max-width:42em;color:rgb(68,68,68);font-size:small;line-height:15px"></div>



</div>



</div>



</div>




</div>



</div>





</div>









<div id="AOLMsgPart_3_3e4af222-e236-4b4e-a85c-41a0d6d46759" style="margin: 0px;font-family: Tahoma, Verdana, Arial, Sans-Serif;font-size: 12px;color: #000;background-color: #fff;">

<pre style="font-size: 9pt;"><tt>_______________________________________________
Dock-fans mailing list
<a href="mailto:Dock-fans@docking.org">Dock-fans@docking.org</a>
<a target="_blank" href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>



 



</div>



</font>
</div>





</div>

</font>