<div dir="ltr">Hi Trent,<div>I was trying to map the polar H naming. And I sum up charges in prot.table.ambcrg.ambH for each amino acids:</div><div><div><br></div><div>ALA charge: -2.77556e-17</div><div>ARG charge: 1</div><div>ASN charge: -1.337</div><div>ASP charge: -1</div><div>CYS charge: 0</div><div>GLN charge: -1.337</div><div>GLU charge: -1</div><div>GLY charge: 0</div><div>HIS charge: 0.535</div><div><div>HIE charge: -0.465</div><div>HID charge: -0.442</div><div>HIP charge: 0.773</div></div><div>ILE charge: 0</div><div>LEU charge: -5.55112e-17</div><div>LYS charge: 1</div><div>MET charge: 0</div><div>PHE charge: 0</div><div>PRO charge: 0</div><div>SER charge: -5.55112e-17</div><div>THR charge: -5.55112e-17</div><div>TRP charge: 5.55112e-17</div><div>TYR charge: -5.55112e-17</div><div>VAL charge: 0</div></div><div><br></div><div>I am confused by the charges of histidine (different protonations), ASN, GLN, could you explain why HIE, HID, ASN, and GLN are not neutral?</div><div><br></div><div>Thank you!</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 5, 2014 at 11:08 AM, Trent E. Balius <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com" target="_blank">tbalius@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif">

<div> <font>Hi Miranda,</font><br>

<font><br>
I forgot to say that </font><font><font>you will also have to update the charge file: amb.crg.oxt<br>
</font><br>
You can run dock3.6 without openeye.  <br>
<br>
Sounds like you are on the right track with the force field stuff. <br>
It might be reasonable to use analogy to assign the VDW parameters.<br>
To get the charges sum up  the heavy atom </font><font><font>charge</font> with its attached non-polar hydrogens. <br>
<br>
I think that we are using an united atom force feild for historic reasons.  <br>
But, It might be hard to modify vdw prams. <br>
<br>
Once you get it working if you could send us your files that would be very useful.  <br>
<br>
Note that DOCK 6 might be easer to set up and run, but it is slower.  <br>
<br>
I hope this helps, <br>
<br>
Take care,<br>
<br>
Trent<br>
<br>
</font></div><span class="">

<div> <br>

</div>



<div style="clear:both">======================================<br>

Trent E. Balius, PhD<br>

Postdoc, Shoichet Lab, <br>

Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>

<font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>

</font></a>URL: <a href="http://docking.org/~tbalius" target="_blank">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>

======================================<br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



</span><div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black"><span class="">-----Original Message-----<br>

From: Yi Shang &lt;<a href="mailto:mirandaisbest@gmail.com" target="_blank">mirandaisbest@gmail.com</a>&gt;<br></span><div><div class="h5">

To: Trent E. Balius &lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com" target="_blank">tbalius@aol.com</a>&gt;<br>

Cc: dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org" target="_blank">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>

Sent: Wed, Dec 3, 2014 9:09 pm<br>

Subject: Re: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>

<br>






<div>


<div dir="ltr">Hi Trent,

<div>Do I just use the all-atom DNA ff? I did not find united-atom ff for DNA.</div>



<div><br>

</div>



<div>I can update prot.table.ambcrg.ambH with atom number and charge found in nucleic12.lib, but I am not sure how to update  vdw.parms.amb.mindock. In  vdw.parms.amb.mindock there are 26 atom types defined, so if I need to add new atom types, I have to define for each atom type, for example atom 27, elsewhere I guess. </div>



<div><br>

</div>



<div>I also tried the way described here:</div>



<div><a href="http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation" target="_blank">http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation</a><br>

</div>



<div>, but /DOCK/dockenv/trunk/etc/file2file.py needs openeye license. Do you think I can run DOCK3.6 without openeye license, if I supply the parameters myself?<br>

</div>



<div><br>

</div>



<div>Thank you!</div>

</div>



<div class="gmail_extra"><br>



<div class="gmail_quote">On Wed, Dec 3, 2014 at 5:07 PM, Trent E. Balius <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com" target="_blank">tbalius@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif">



<div> <font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font>Sorry I pointed you the wrong, but still relevant, paper. <br>


<br>


Here is the paper on coloring spheres:<br>


</font></font><font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7504257?dopt=Abstract" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7504257?dopt=Abstract</a></font></font><br>



</div>


<br>


<font>I hope this helps,<br>


<br>


Trent<br>


</font>

<div>

<div>


<div> <br>



</div>







<div> <br>



</div>







<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>



From: Trent E. Balius &lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com" target="_blank">tbalius@aol.com</a>&gt;<br>



To: mirandaisbest &lt;<a href="mailto:mirandaisbest@gmail.com" target="_blank">mirandaisbest@gmail.com</a>&gt;; dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org" target="_blank">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>



Sent: Wed, Dec 3, 2014 1:38 pm<br>



Subject: Re: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>



<br>










<div>
<font color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif">





<div> <font>Hi </font>Yi<font>,<br>




<br>




Q1:<br>




Yes, dock uses an united-atom (no non-polar hydrogen) amber force </font><font><font>field</font> file for the receptors. <br>




I think that it is based on a force field from the 90&#39;s. <br>




<br>




Q2:<br>




Yes, you can get the parameters from the amber force field files but will need to put them in the dock format.<br>




<br>




Q3:<br>




No. you will need to modify both of the files:<br>




</font><font>prot.table.ambcrg.ambH<br>




</font>vdw.parms.amb.mindock<br>





</div>











<div> <br>




<font>Q4: <br>




I think that it is ok, just a warning.  Is that the charge you expect for </font><font>MN?  I think so. <br>




<br>




Q5:<br>




DOCK 3.6 papers:<br>




<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20735049" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20735049</a><br>




<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22716043" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22716043</a><br>




<br>




Paper on coloring spheres: <br>




<a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.540130311/abstract" target="_blank">http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.540130311/abstract</a><br>




<br>




You can color your spheres. there is a perl script that does this in the distribution.  <br>




Coloring is based on receptor environment. <br>




<br>




I would say that DOCK orienting is shape matching, <br>




However, if you color your spheres, then it is pharmacophore-like shape matching.   <br>




<br>




<br>




I hope that this helps,<br>




<br>




Trent<br>




</font><br>




<br>





</div>











<div style="clear:both">======================================<br>





Trent E. Balius, PhD<br>





Postdoc, Shoichet Lab, <br>





Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>





<font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>





</font></a>URL: <a href="http://docking.org/~tbalius" target="_blank">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>





======================================<br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>





From: Yi Shang &lt;<a href="mailto:mirandaisbest@gmail.com" target="_blank">mirandaisbest@gmail.com</a>&gt;<br>





To: dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org" target="_blank">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>





Sent: Wed, Dec 3, 2014 9:52 am<br>





Subject: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>





<br>














<div>






<div dir="ltr">Hi All,





<div>I wanted to use DOCK3.6 to screen small ligand database. My receptor contains protein, DNA, RNA, and ions. </div>











<div><br>





</div>











<div><br>





</div>











<div>In grids/prot.table.ambcrg.ambH there are no parameters for DNA and RNA. I found some info online on adding non-standard residue into the prot.table file</div>











<div><a href="http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation" target="_blank">http://wiki.bkslab.org/index.php/BKS_lab_Structure_preparation</a><br>





</div>











<div>, but I am not sure if this is the way to add parameters for nucleic acids and ions. <br>





</div>











<div><br>





</div>











<div>1. Is DOCK3.6 using amber force field? Which protein/ion force field it is using?</div>











<div>2. Can I copy and paste amber nuclei acid parameters to prot.table directly? </div>











<div>3. For each non-standard residue, is prot.table.ambcrg.ambH the only file I need to modify?  I see vdw.parms.amb.mindock is also used for grid generation.





<div>4.  The MN ion was read in successfully, but I saw warning in delphi.log</div>











<div>&quot;!!! WARNING:  MN 300 has a net charge of   2.0000&quot;, Should I be worried? MN having charge of 2 seems fine to me.</div>











<div><br>





</div>











<div>5. Which is the original paper describing DOCK3.6 algorithms? I was wondering if ligand sphere generation takes into account the ligand atom type. For the ligand docking is it shape matching or pharmacophore matching?</div>











<div><br>





</div>











<div>Thank you !</div>











<div><br>





</div>











<div><br>





</div>





-- <br>











<div>





<div dir="ltr">





<div>Yi  Shang,   Ph.D.</div>












<div>postdoctoral research associate</div>











<div>Icahn School of Medicine at Mount Sinai</div>











<div><h3 style="font-size:medium;font-weight:normal;margin:0px;padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><br>





</h3>





<div><br>





</div>











<div style="margin:0px;min-height:40px;padding-left:9px;padding-right:4px;width:28px;outline:none;font-size:small;line-height:15px">





<div style="border-top-width:1px;border-bottom-width:1px;border-left-width:1px;border-style:solid none solid solid;border-top-color:transparent;border-bottom-color:transparent;border-left-color:transparent;border-radius:2px">





<div style="min-height:13px;margin-left:6px;width:15px;background-image:url(https://www.google.com/images/nav_logo123.png)"></div>





</div>





</div>











<div style="max-width:42em;color:rgb(68,68,68);font-size:small;line-height:15px"></div>





</div>





</div>





</div>






</div>





</div>







</div>













<div style="margin:0px;font-family:Tahoma,Verdana,Arial,Sans-Serif;font-size:12px;color:#000;background-color:#fff">

<pre style="font-size:9pt"><tt>_______________________________________________
Dock-fans mailing list
<a href="mailto:Dock-fans@docking.org" target="_blank">Dock-fans@docking.org</a>
<a href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a>
</tt></pre>
</div>





 



</div>





</font>
</div>







</div>



</div>

</div>

</font></blockquote></div>

<br>

<br clear="all">

<div><br>

</div>

-- <br>



<div>

<div dir="ltr">

<div>Yi  Shang,   Ph.D.</div>




<div>postdoctoral research associate</div>



<div>Icahn School of Medicine at Mount Sinai</div>



<div><h3 style="font-size:medium;font-weight:normal;margin:0px;padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><br>

</h3>

<div><br>

</div>



<div style="min-height:auto;margin:0px;min-height:40px;padding-left:9px;padding-right:4px;width:28px;outline:none;font-size:small;line-height:15px">

<div style="border-top-width:1px;border-bottom-width:1px;border-left-width:1px;border-style:solid none solid solid;border-top-color:transparent;border-bottom-color:transparent;border-left-color:transparent;border-top-left-radius:2px;border-top-right-radius:2px;border-bottom-right-radius:2px;border-bottom-left-radius:2px">

<div style="background-image:url(https://www.google.com/images/nav_logo123.png);min-height:13px;margin-left:6px;width:15px;background-repeat:initial initial"></div>

</div>

</div>



<div style="max-width:42em;color:rgb(68,68,68);font-size:small;line-height:15px"></div>

</div>

</div>

</div>


</div>



</div>





</div></div></div>

</font></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Yi  Shang,   Ph.D.</div>
<div>postdoctoral research associate</div><div>Icahn School of Medicine at Mount Sinai</div><div><h3 style="font-size:medium;font-weight:normal;margin:0px;padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><br></h3><div><br></div><div style="height:auto;margin:0px;min-height:40px;padding-left:9px;padding-right:4px;width:28px;outline:none;font-size:small;line-height:15px"><div style="border-top-width:1px;border-bottom-width:1px;border-left-width:1px;border-style:solid none solid solid;border-top-color:transparent;border-bottom-color:transparent;border-left-color:transparent;border-top-left-radius:2px;border-top-right-radius:2px;border-bottom-right-radius:2px;border-bottom-left-radius:2px"><div style="background-image:url(https://www.google.com/images/nav_logo123.png);height:13px;margin-left:6px;width:15px;background-repeat:initial initial"></div></div></div><div style="max-width:42em;color:rgb(68,68,68);font-size:small;line-height:15px"></div></div></div></div>
</div>