<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><br>

<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Varun Venkatesh &lt;varunjvenkatesh@gmail.com&gt;<br>

To: Trent E. Balius &lt;tbalius@aol.com&gt;<br>

Cc: dock-fans &lt;dock-fans@docking.org&gt;<br>

Sent: Tue, Dec 9, 2014 5:28 pm<br>

Subject: Re: Bug and new licence<br>

<br>






<div id="AOLMsgPart_1_c9cc689d-025c-4543-a55f-a16c95e5b41b">


<div dir="ltr">Dear Trent,

<div><br>

</div>



<div>Here is the error. Could you post it for me?</div>



<div>









<div class=""><span class="">In file included from score_chemgrid.cpp:38:</span></div>




<div class=""><span class="">In file included from ./tnt/tnt.h:48:</span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_fortran_array1d.h:224:15: </b></span><span class=""><b>warning: </b></span><span class=""><b>'&amp;&amp;' within '||' [-Wlogical-op-parentheses]</b></span><br>

</div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if ((i0 &gt; 0) &amp;&amp; (i1 &lt; n_) || (i0 &lt;= i1))</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~ ~~</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_fortran_array1d.h:224:15: note: </b>place parentheses around the '&amp;&amp;' expression to silence this warning</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if ((i0 &gt; 0) &amp;&amp; (i1 &lt; n_) || (i0 &lt;= i1))</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; (&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; )</span></div>




<div class=""><span class="">In file included from score_chemgrid.cpp:38:</span></div>




<div class=""><span class="">In file included from ./tnt/tnt.h:55:</span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_sparse_matrix_csr.h:97:3: </b></span><span class=""><b>error: </b></span><span class=""><b>no matching constructor for initialization of 'Array1D&lt;int&gt;'</b></span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; rowptr_(M, r), colind_(nz, c), dim1_(M), dim2_(N) {}</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^ &nbsp; &nbsp; &nbsp; ~~~~</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:63:11: note: </b>candidate constructor not viable: no known conversion from 'const int *' to 'const int' for 2nd argument; dereference the argument with *</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D(int n, const T &amp;a);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:64:11: note: </b>candidate constructor not viable: 2nd argument ('const int *') would lose const qualifier</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D(int n,&nbsp; T *a);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:61:11: note: </b>candidate constructor not viable: requires 0 arguments, but 2 were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D();</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:62:11: note: </b>candidate constructor not viable: requires single argument 'n', but 2 arguments were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; explicit Array1D(int n);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:65:14: note: </b>candidate constructor not viable: requires single argument 'A', but 2 arguments were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; inline &nbsp; Array1D(const Array1D &amp;A);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class="">In file included from score_chemgrid.cpp:38:</span></div>




<div class=""><span class="">In file included from ./tnt/tnt.h:55:</span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_sparse_matrix_csr.h:97:18: </b></span><span class=""><b>error: </b></span><span class=""><b>no matching constructor for initialization of 'Array1D&lt;int&gt;'</b></span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; rowptr_(M, r), colind_(nz, c), dim1_(M), dim2_(N) {}</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^ &nbsp; &nbsp; &nbsp; ~~~~~</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:63:11: note: </b>candidate constructor not viable: no known conversion from 'const int *' to 'const int' for 2nd argument; dereference the argument with *</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D(int n, const T &amp;a);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:64:11: note: </b>candidate constructor not viable: 2nd argument ('const int *') would lose const qualifier</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D(int n,&nbsp; T *a);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:61:11: note: </b>candidate constructor not viable: requires 0 arguments, but 2 were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Array1D();</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:62:11: note: </b>candidate constructor not viable: requires single argument 'n', but 2 arguments were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; explicit Array1D(int n);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class=""><b>./tnt/tnt_array1d.h:65:14: note: </b>candidate constructor not viable: requires single argument 'A', but 2 arguments were provided</span></div>




<div class=""><span class="">&nbsp; &nbsp; inline &nbsp; Array1D(const Array1D &amp;A);</span></div>




<div class=""><span class=""><b>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ^</b></span></div>




<div class=""><span class="">2 warnings and 2 errors generated.</span></div>




<div class=""><span class="">make[2]: *** [score_chemgrid.o] Error 1</span></div>




<div class=""><span class="">make[1]: *** [dock6] Error 2</span></div>




<div class=""><span class="">make: *** [install] Error 2</span></div>

</div>

</div>



<div class="gmail_extra"><br>



<div class="gmail_quote">On Tue, Dec 9, 2014 at 8:28 AM, Trent E. Balius <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com">tbalius@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" color="black">



<div> <font>Hi Varrun, <br>


</font><br>


<font><span class=""><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" color="black"><font>I am not a mac user so maybe someone else can help. <br>




</font></font><br>

</span>
Please inclued your error message as text (the image is too big to post)<br>


in the body of the email.<br>


<br>


Also be sure to "make clean".&nbsp; This is some time a source of errors. <br>


<br>


Take care<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>


</font></span></font><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></div>

<span class="HOEnZb"><font color="#888888">





<div> <br>



</div>







<div style="clear:both">Trent<br>



</div>







<div> <br>



</div>







<div> <br>



</div>





</font></span>

<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black"><span class="">-----Original Message-----<br>



From: Trent E. Balius &lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com">tbalius@aol.com</a>&gt;<br>

</span>

<div>

<div class="h5">

To: dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org">dock-fans@docking.org</a>&gt;; varunjvenkatesh &lt;<a href="mailto:varunjvenkatesh@gmail.com">varunjvenkatesh@gmail.com</a>&gt;<br>



Sent: Tue, Dec 9, 2014 8:21 am<br>



Subject: Fwd: Bug and new licence<br>



<br>










<div>
<font face="Arial, Helvetica, sans-serif" color="black">





<div> <font>Hi </font>Varun<font>,<br>




<br>




I am not a mac user so maybe someone else can help. <br>




<br>




</font>
</div>











<div> <font>Unfortunately, we do not distribute older versions of the DOCK 5/6.&nbsp; <br>




This is because these version have bugs that have be fixed in the newer versions.<br>




<br>




These older versions are unlikely to work either on your machine, if DOCK6.6 doesn't. <br>




<br>




Take care,<br>




<br>




Trent<br>




<br>




</font>
</div>











<div style="clear:both">======================================<br>





Trent E. Balius, PhD<br>





Postdoc, Shoichet Lab, <br>





Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>





<font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>





</font></a>URL: <a target="_blank" href="http://docking.org/~tbalius">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>





======================================<br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>





From: Varun Venkatesh &lt;<a href="mailto:varunjvenkatesh@gmail.com">varunjvenkatesh@gmail.com</a>&gt;<br>





To: Trent E. Balius &lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com">tbalius@aol.com</a>&gt;; dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org">dock-fans@docking.org</a>&gt;; dock_industry &lt;<a href="mailto:dock_industry@dock.compbio.ucsf.edu">dock_industry@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;; dock_bugs &lt;<a href="mailto:dock_bugs@dock.compbio.ucsf.edu">dock_bugs@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;; dock_license &lt;<a href="mailto:dock_license@dock.compbio.ucsf.edu">dock_license@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;; jir322 &lt;<a href="mailto:jir322@gmail.com">jir322@gmail.com</a>&gt;<br>





Sent: Mon, Dec 8, 2014 9:46 pm<br>





Subject: Fwd: Bug and new licence<br>





<br>














<div>






<div dir="ltr">





<div class="gmail_quote">





<div dir="ltr">Dear John, Trent,</div>











<div dir="ltr"><br>











<div><br>





</div>











<div>Here is a screenshot of my error. I am not able to post to dock-fans.&nbsp; Can one of you do that?</div>











<div>I need this fixed urgently for my project.&nbsp; If DOCK 6.6 has issues with mac, I would like to use an older version of DOCK.</div>











<div><br>





</div>











<div>Regards,<br>





Varun</div>





</div>











<div>





<div>





<div class="gmail_extra"><br>











<div class="gmail_quote">On Fri, Dec 5, 2014 at 7:52 PM, Trent E. Balius <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com">tbalius@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br>





<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" color="black">







<div> <font>Hi </font>Varun<font>,<br>






<br>






I am sending this mail to the dock-fans list also.<br>






<br>






Could you send us the exact error mesage which prints to you screen?<br>






this is so that we can help you debug the problem. <br>






<br>






Take care,<br>






<br>






Trent<br>






</font>
</div>















<div> <br>







</div>















<div style="clear:both">======================================<br>







Trent E. Balius, PhD<br>







Postdoc, Shoichet Lab, <br>







Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>







<font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>







</font></a>URL: <a target="_blank" href="http://docking.org/~tbalius">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>







======================================<br>







</div>











<div>





<div>









<div> <br>







</div>















<div> <br>







</div>















<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>







From: Varun Venkatesh &lt;<a href="mailto:varunjvenkatesh@gmail.com">varunjvenkatesh@gmail.com</a>&gt;<br>







To: dock_bugs &lt;<a href="mailto:dock_bugs@dock.compbio.ucsf.edu">dock_bugs@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;; dock_license &lt;<a href="mailto:dock_license@dock.compbio.ucsf.edu">dock_license@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;; dock_industry &lt;<a href="mailto:dock_industry@dock.compbio.ucsf.edu">dock_industry@dock.compbio.ucsf.edu</a>&gt;<br>







Sent: Fri, Dec 5, 2014 5:56 pm<br>







Subject: Bug and new licence<br>







<br>


















<div>








<div dir="ltr">Hi,







<div><br>







</div>















<div>I just wanted to send this email because I experienced a bug in the DOCK 6.6 software. When I try to run and compile the program, it immediately creates 2 errors, which I found are embedded in the code of the program itself.&nbsp; They were errors about a vector h missing and I am not able to debug this. Do you have a solution, or could I possibly get a licence earlier version of the program?&nbsp;</div>















<div><br>







</div>















<div>Thank you,</div>















<div><br>







</div>















<div>Varun Venkatesh</div>







</div>









</div>











</div>







</div>





</div>





</font></blockquote></div>





<br>





</div>






</div>





</div>





</div>





<br>





</div>







</div>







<br>










</div>





</font>
</div>





<br>








</div>

</div>

</div>



</font></blockquote></div>

<br>

</div>



</div>





</div>

</font>