<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'><font size="2">Thanks.&nbsp; I am forwarding this to the mailing list. <br>
<br>
&nbsp;Trent</font><br>

<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Yi Shang &lt;mirandaisbest@gmail.com&gt;<br>

To: Trent E. Balius &lt;tbalius@aol.com&gt;<br>

Sent: Fri, Dec 12, 2014 2:47 pm<br>

Subject: Re: [Dock-fans] DOCK3.6 parameters for ion, DNA, and RNA, and question on pharmacophore matching<br>

<br>






<div id="AOLMsgPart_1_49fd2e30-33d0-4c38-a682-cc5a76c20be7">


<div dir="ltr">I found out the charges were because you have some extra atoms defined beginning with A, like you have AD2 and AD1 atoms for ASN. When you ignore these atoms the charges are fine.</div>



<div class="gmail_extra"><br>



<div class="gmail_quote">
<div><br>







<div class="gmail_quote">On Tue, Dec 9, 2014 at 4:48 PM, Yi Shang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mirandaisbest@gmail.com">mirandaisbest@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>



<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div dir="ltr">Hi Trent,



<div>I was trying to map the polar H naming. And I sum up charges in prot.table.ambcrg.ambH for each amino acids:</div>







<div>



<div><br>



</div>







<div>ALA charge: -2.77556e-17</div>







<div>ARG charge: 1</div>







<div>ASN charge: -1.337</div>







<div>ASP charge: -1</div>







<div>CYS charge: 0</div>







<div>GLN charge: -1.337</div>







<div>GLU charge: -1</div>







<div>GLY charge: 0</div>







<div>HIS charge: 0.535</div>







<div>



<div>HIE charge: -0.465</div>







<div>HID charge: -0.442</div>







<div>HIP charge: 0.773</div>



</div>







<div>ILE charge: 0</div>







<div>LEU charge: -5.55112e-17</div>







<div>LYS charge: 1</div>







<div>MET charge: 0</div>







<div>PHE charge: 0</div>







<div>PRO charge: 0</div>







<div>SER charge: -5.55112e-17</div>







<div>THR charge: -5.55112e-17</div>







<div>TRP charge: 5.55112e-17</div>







<div>TYR charge: -5.55112e-17</div>







<div>VAL charge: 0</div>



</div>







<div><br>



</div>







<div>I am confused by the charges of histidine (different protonations), ASN, GLN, could you explain why HIE, HID, ASN, and GLN are not neutral?</div>







<div><br>



</div>







<div>Thank you!</div>



</div>







<div>



<div>



<div class="gmail_extra"><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote></div>




</div>
</div>

<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
</div>

</div>


</div>



</div>





</div>

</font>