<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>2 questions - </div><div><br></div><div>1. I was wondering if it is possible to use the files for auto-DUD-E in testing for Dock 6.7. It seems as if everything is set up for 3.7, but not for 6.7.  </div><div><br></div><div>Related to that, I tried using basic steps in the tutorials to reproduce the binding of the x-ray crystal ligand from pygm (in the DUD-E) using the ligand.mol2 and the receptor.pdb from <a href="http://dude.docking.org/">http://dude.docking.org/</a> </div><div><br></div><div>unfortunately, the generated poses were very far from expected. </div><div><br></div><div>2. when prepping the grid scoring function (or the pdb/mol2), is there something special that I need to do to ensure that the explicit water is treated correctly or to make sure that the water parameters are included? </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jonathan</div></div>