<div dir="ltr">Hello again,<div><br></div><div>Due to my troubles with sphere_selector, I manually picked the cluster residing within my protein&#39;s binding pocket (this consists of 203 spheres). After generating a box and grid, I was left with the statistics below. </div><div><br></div><div><div>Reading in grid box information.</div><div>Box center of mass                      :  -48.251   17.910  -38.082</div><div>Box dimensions                          :   39.901   35.575   46.777</div><div>Number of grid points per side [x y z]  :      135      120      157</div><div>Total number of grid points             :  2543400</div></div><div><br></div><div>The dock6 program crashed once again due to a segmentation fault. Is my grid too complicated, perhaps?<br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chris</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 9, 2016 at 10:24 AM, Chris Fage <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cdfage@gmail.com" target="_blank">cdfage@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Sudipto,<div><br></div><div>I entered the radii you suggested, then reran sphgen and sphere_selector. However, the latter program still did not resolve after an overnight run. When I performed docking in the past, I don&#39;t recall this stage taking so long, and my CPU isn&#39;t exactly ancient (an Intel Core i7). </div><div><br></div><div>Also, I wouldn&#39;t qualify my ligand as small at 25 non-H atoms. But in the past I was able to work with ligands of similar size in the software.</div><div><br></div><div>Any further suggestions are welcome.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chris</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, May 8, 2016 at 9:56 PM, Sudipto Mukherjee <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sudmukh@yahoo.com" target="_blank">sudmukh@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:13px"><div><span></span></div><div></div><div>Hi Chris,</div><div><br></div><div>Here is a sample sphgen input file:</div><div><br></div><div dir="ltr"><pre>rec.dms      #surface file generated above will be the input file
R            #flag to place spheres outside (R) or inside (L) of the surface 
X            #flag that informs sphgen of the subset of surface points to be used (X = all points)
0.0          #flag that prevent the generation of large spheres with close surface contacts(default= 0)
4.0          #maximum radius of the spheres generated (default = 4.0 Angstroms)
1.4          #minimum radius of the spheres generated (default = radius of probe)
rec.sph      #this will be the file which contained the clustered spheres generated</pre></div> <div>Retain spheres between 1.4 and 4 angstroms. You don&#39;t need a large number of spheres in the active site. </div><div><br></div><div>Use sphere selector with a small distance cutoff (3-5A) is fair for small ligands. This should run almost instantly - certainly not overnight.</div><div><br></div><div>Sudipto<br><br></div><div style="display:block"> <div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:13px"> <div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px"><div><div> <div dir="ltr"><font size="2" face="Arial"> On Sunday, May 8, 2016 3:48 PM, Chris Fage &lt;<a href="mailto:cdfage@gmail.com" target="_blank">cdfage@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></font></div>  <br><br> </div></div><div><div><div><div><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>When I tried to generate spheres within a binding pocket, the pocket was only sparsely populated. Therefore, I altered the acceptable sphere radius 3.0-0.2. After this, I saw _many_ spheres. Wanting to exclude spheres far away from a manually placed ligand, I ran the sphere_selector routine. However, even after overnight, the program still appeared to be running and had not produced any output. </div><div><br></div><div>Trying a different route, I created a subsection of residues lining the binding pocket, generated new spheres, and skipped the sphere selection phase. Unfortunately, when I ran dock6 the program crashed with the error:</div><div><br></div><div><div>Segmentation fault (core dumped)</div></div><div><br></div><div>I would be grateful for any insight and am happy to provide more details upon request.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Chris</div></div></div><br></div></div>_______________________________________________<br>Dock-fans mailing list<br><a href="mailto:Dock-fans@docking.org" target="_blank">Dock-fans@docking.org</a><br><a href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a><br><br><br></div>  </div> </div>  </div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>