<div dir="ltr">Hi Sudipto and Trent,<div><br></div><div>I replaced my <a href="http://flex.in">flex.in</a> file for dock6 with a template that worked for me in the past, then changed the entries accordingly. Now, dock6 doesn&#39;t crash, so there must have been a problem with the input after all. Everything is looking good.</div><div><br></div><div>I am still curious, however, why the sphere_selector routine is hanging. I am using the INSPH parameters:</div><div><div>receptor_noH.dms</div><div>R</div><div>X</div><div>0.0</div><div>4.0</div><div>1.4</div><div>receptor.sph</div></div><div><br></div><div>I am entering the sphere_selector parameters as follows:</div><div>/home/chris/dock6/bin/sphere_selector receptor.sph ligand_manual.pdb 5.0</div><div><br></div><div>As the name implies, ligand_manual.pdb contains coordinates for a ligand placed manually within the active site. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chris</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 11, 2016 at 12:26 AM, Trent E. Balius <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tbalius@aol.com" target="_blank">tbalius@aol.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><font color="black" size="2" face="Arial, Helvetica, sans-serif">

<div> <font size="2">Hi Chris,</font><br>
<br>

</div>
<font size="2">The </font>sphere_selector <font size="2">script should run in seconds not hours.  <br>
I suspect that there is an issue with one of your input files.   <br>
<br>
When is DOCK producing the seg.fault?<br>
Could you run dock with the -v flag, the output will tell you at what part of the docking procedure it is failing.  <br>
<br>
I hope that this helps. <br>
<br>
</font>
<div> <font size="2">Trent</font><br>
<br>

</div>



<div style="clear:both">======================================<br>

Trent E. Balius, PhD<br>

Postdoc, Shoichet Lab, <br>

Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>

<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="-1">(415) 514-4253<br>

</font></a>URL: <a href="http://docking.org/~tbalius" target="_blank">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>

======================================<br>

</div><div><div class="h5">



<div> <br>

</div>



<div> <br>

</div>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>

From: Chris Fage &lt;<a href="mailto:cdfage@gmail.com" target="_blank">cdfage@gmail.com</a>&gt;<br>

To: Sudipto Mukherjee &lt;<a href="mailto:sudmukh@yahoo.com" target="_blank">sudmukh@yahoo.com</a>&gt;<br>

Cc: dock-fans &lt;<a href="mailto:dock-fans@docking.org" target="_blank">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>

Sent: Tue, May 10, 2016 3:05 pm<br>

Subject: Re: [Dock-fans] Issues with dock6<br>

<br>




<div>


<div>

<div dir="ltr">Hello again,

<div><br>

</div>



<div>Due to my troubles with sphere_selector, I manually picked the cluster residing within my protein&#39;s binding pocket (this consists of 203 spheres). After generating a box and grid, I was left with the statistics below. </div>



<div><br>

</div>



<div>

<div>Reading in grid box information.</div>



<div>Box center of mass                      :  -48.251   17.910  -38.082</div>



<div>Box dimensions                          :   39.901   35.575   46.777</div>



<div>Number of grid points per side [x y z]  :      135      120      157</div>



<div>Total number of grid points             :  2543400</div>

</div>



<div><br>

</div>



<div>The dock6 program crashed once again due to a segmentation fault. Is my grid too complicated, perhaps?<br>

</div>



<div><br>

</div>



<div>Regards,</div>



<div>Chris</div>

</div>



<div class="gmail_extra"><br>



<div class="gmail_quote">On Mon, May 9, 2016 at 10:24 AM, Chris Fage <span dir="ltr">&lt;<a>cdfage@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">Hi Sudipto,

<div><br>

</div>



<div>I entered the radii you suggested, then reran sphgen and sphere_selector. However, the latter program still did not resolve after an overnight run. When I performed docking in the past, I don&#39;t recall this stage taking so long, and my CPU isn&#39;t exactly ancient (an Intel Core i7). </div>



<div><br>

</div>



<div>Also, I wouldn&#39;t qualify my ligand as small at 25 non-H atoms. But in the past I was able to work with ligands of similar size in the software.</div>



<div><br>

</div>



<div>Any further suggestions are welcome.</div>



<div><br>

</div>



<div>Regards,</div>



<div>Chris</div>

</div>



<div>

<div>

<div class="gmail_extra"><br>



<div class="gmail_quote">On Sun, May 8, 2016 at 9:56 PM, Sudipto Mukherjee <span dir="ltr">&lt;<a>sudmukh@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div>

<div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:13px">

<div><span></span></div>



<div></div>



<div>Hi Chris,</div>



<div><br>

</div>



<div>Here is a sample sphgen input file:</div>



<div><br>

</div>



<div dir="ltr"><pre>rec.dms      #surface file generated above will be the input file
R            #flag to place spheres outside (R) or inside (L) of the surface 
X            #flag that informs sphgen of the subset of surface points to be used (X = all points)
0.0          #flag that prevent the generation of large spheres with close surface contacts(default= 0)
4.0          #maximum radius of the spheres generated (default = 4.0 Angstroms)
1.4          #minimum radius of the spheres generated (default = radius of probe)
rec.sph      #this will be the file which contained the clustered spheres generated</pre></div>

 

<div>Retain spheres between 1.4 and 4 angstroms. You don&#39;t need a large number of spheres in the active site. </div>



<div><br>

</div>



<div>Use sphere selector with a small distance cutoff (3-5A) is fair for small ligands. This should run almost instantly - certainly not overnight.</div>



<div><br>

</div>



<div>Sudipto<br>

<br>

</div>



<div style="display:block"> 

<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:13px"> 

<div style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px">

<div>

<div> 

<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"> On Sunday, May 8, 2016 3:48 PM, Chris Fage &lt;<a>cdfage@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>

</font></div>

  <br>

<br>

 </div>

</div>



<div>

<div>

<div>

<div>

<div dir="ltr">Hello,

<div><br>

</div>



<div>When I tried to generate spheres within a binding pocket, the pocket was only sparsely populated. Therefore, I altered the acceptable sphere radius 3.0-0.2. After this, I saw _many_ spheres. Wanting to exclude spheres far away from a manually placed ligand, I ran the sphere_selector routine. However, even after overnight, the program still appeared to be running and had not produced any output. </div>



<div><br>

</div>



<div>Trying a different route, I created a subsection of residues lining the binding pocket, generated new spheres, and skipped the sphere selection phase. Unfortunately, when I ran dock6 the program crashed with the error:</div>



<div><br>

</div>



<div>

<div>Segmentation fault (core dumped)</div>

</div>



<div><br>

</div>



<div>I would be grateful for any insight and am happy to provide more details upon request.</div>



<div><br>

</div>



<div>Cheers,</div>



<div>Chris</div>

</div>

</div>

<br>

</div>

</div>

_______________________________________________<br>

Dock-fans mailing list<br>

<a>Dock-fans@docking.org</a><br>

<a>http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a><br>

<br>

<br>

</div>

  </div>

 </div>

  </div>

</div>

</div>

</blockquote></div>

<br>

</div>


</div>

</div>

</blockquote></div>

<br>

</div>


</div>


</div>


_______________________________________________<br>

Dock-fans mailing list<br>

Dock-<a>fans@docking.org</a><br>

<a>http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a><br>

</div>

</div></div></font></blockquote></div><br></div>