<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 12pt;
font-family:Calibri
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'><font face="Times New Roman,sans-serif" size="2" style="font-size:10pt;" color="#000000">From the manual:</font><div><font face="Times New Roman,sans-serif" size="2" style="font-size:10pt;" color="#000000"><br></font></div><div><span style="font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">If the HA_RMSDs is "-1000.0", then there is an inconsistency in the number of heavy atoms between the reference and the docked conformer.</span></div><div><br></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">But as to the difference for using the two&nbsp;different .in I don't know. However, it might be related to the core use. How many ligands are you docking?</font></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">As far as I remember, running dock in&nbsp;mpi only improves the docking of several ligands at once, not the performance of one.</font></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">That&nbsp;being said, I have seen very different performances when running dock in AMD vs Intel.</font></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">I hope this helps.</font></div><div><br><br><div>&gt; From: thanh.q.le@sjsu.edu<br>&gt; Date: Tue, 14 Jun 2016 14:00:47 -0700<br>&gt; To: dock-fans@docking.org<br>&gt; Subject: Re: [Dock-fans] Errors in running  DOCK6 MPI<br>&gt; <br>&gt; I forgot to mention one thing, this error can only be seen while using DOCK6 MPI fix.in; regular dock6 flx.in does give the desired numbers.<br>&gt; Thanh Le<br>&gt; &gt; On Jun 14, 2016, at 1:53 PM, Thanh Le &lt;thanh.q.le@sjsu.edu&gt; wrote:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; The result I received after running dock6 MPI flx.in seems really off:<br>&gt; &gt; ########## HA_RMSDs:                -1000.0000<br>&gt; &gt; ########## HA_RMSDh:                -1000.0000<br>&gt; &gt; ########## HA_RMSDm:                0.0000<br>&gt; &gt; ########## Cluster Size:        1<br>&gt; &gt; ##########    Grid Score:         -246.470337<br>&gt; &gt; ##########      Grid_vdw:         -111.281166<br>&gt; &gt; ##########       Grid_es:         -135.189178<br>&gt; &gt; ##########    Int_energy:           52.528397<br>&gt; &gt; I would like to know why I got -1000.0000 for both HA_RMSDs and HA_RMSDm and 0 for HA_RMSDm.<br>&gt; &gt; Also, when using dock6 mpi on a cluster (64 cores), the program runs slower than a single core-must be more than 10 times slower.<br>&gt; &gt; Please help,<br>&gt; &gt; Thanh Le<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Dock-fans mailing list<br>&gt; Dock-fans@docking.org<br>&gt; http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans<br></div></div>                                               </div></body>
</html>