<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'>

<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">


<div id="AOLMsgPart_2_05279ee1-5543-4790-be02-2541f55539ff"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2">Hi</font> Haiyang<font size="2">, <br>
<br>
I think that you are save in proceeding with docking unless you want to do something specific (using the multi-grid footprinting scoring function). <br>
<br>
</font></font></font></font>It looks like the problem maybe because of this line: </font><br>


<font size="2"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"> `grep -A 1 range_union important_residues.out | sed -e'/range_union/d' -e'/--/d' -e's/ //g' | tr ',' '\n' | sort -nu`<br>


<br>


This command will return a list of residues.<br>


<br>


The back quotes mean, in csh, to convert what this command returns to text. <br>
<br>
Try switching the shell, just type the following on the command line:<br>
<br>
&gt; echo $SHELL # this will tell you what shell you are using<br>
&gt; csh # this will open up a cshell session<br>
&gt; make test<br>
&gt; exit # this will close the cshell session and return to the your old environment<br>
<br>
<br>
Questions to consider: <br>
Is this because you are using bash instead of csh? <br>
( if this is the case, we may consider modifying this test to not depend on the shell for a future release.)<br>
Does the above line work when you run it on the command line?<br>
Is it do to not having grep or sed installed or in your path? <br>
On what environment are you running dock? <br>
<br>
I hope that this helps,<br>
<br>
Trent<br>
</font></font>

</font>



<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">




<div id="AOLMsgPart_2_17962226-72eb-4aa8-9d7c-b1001b82dcfd">
<font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif">





<div> <br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div style="clear:both">======================================<br>





Trent E. Balius, PhD<br>





Postdoc, Shoichet Lab, <br>





Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>





<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a><font size="-1" face="Arial, Helvetica, sans-serif">(415) 514-4253<br>





</font></a>URL: http://docking.org/~tbalius</font></font><br>





======================================<br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div> <br>





</div>











<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>





From: 钟海洋 &lt;zhonghy14@lzu.edu.cn&gt;<br>





To: Trent E. Balius &lt;tbalius@aol.com&gt;<br>





Sent: Fri, Sep 2, 2016 6:47 pm<br>





Subject: Re: Re: [Dock-fans] install question<br>





<br>














<div id="AOLMsgPart_2_0be69afa-384a-4acd-912c-6ebed94f2f49">






<div class="aolReplacedBody"><span style="line-height: 16.8px;">Hi Trent</span><span style="line-height: 16.8px;">,</span>





<div style="line-height: 16.8px;"><br>





</div>











<div style="line-height: 16.8px;">Thank you very much first. I have installed python and the version is 2.7.12 and the error is still here. What should I&nbsp;</div>











<div style="line-height: 16.8px;"><br>





</div>











<div style="line-height: 16.8px;">do to solve this problem ?&nbsp;<span style="line-height: 16.8px;">Thanks.</span></div>











<div style="line-height: 16.8px;"><br>





</div>











<div style="line-height: 16.8px;">Haiyang</div>











<div><br>





</div>





<br>





<br>





<blockquote class="ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----原始邮件-----<br>






<b>发件人:</b><span id="rc_from">"Trent E. Balius" &lt;<a>tbalius@aol.com</a>&gt;</span><br>






<b>发送时间:</b><span id="rc_senttime">2016-09-02 23:14:30 (星期五)</span><br>






<b>收件人:</b> <a>zhonghy14@lzu.edu.cn</a>, dock-<a>fans@docking.org</a><br>






<b>抄送:</b> <br>






<b>主题:</b> Re: [Dock-fans] install question<br>





<br>





<font size="2" color="black" face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font size="2">Hi</font> Haiyang<font size="2">, <br>






</font>






<div><font size="2"><br>






This "make test" is testing that everything has been installed correctly.&nbsp;&nbsp; <br>






</font><br>






<font size="2"><font size="2"> If this is your only error and you want to do normal docking, you may proceed with docking.<br>






</font></font><br>






<font size="2"><font size="2">However, If you want to use the multigrid-footprint scoring function, then you should try and resolve this.<br>






<br>






</font></font><font size="2"><font size="2"><font size="2">This error may indicate that you do not have python installed on your machine, try installing python. </font></font><br>






<br>






I hope this helps,<br>






<br>






Trent<br>






</font>
</div>















<div> <br>







</div>















<div style="clear:both">======================================<br>







Trent E. Balius, PhD<br>







Postdoc, Shoichet Lab, <br>







Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>







<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a target="_blank"><font size="-1" face="Arial, Helvetica, sans-serif">(415) 514-4253<br>







</font></a>URL: <a target="_blank">http://docking.org/~tbalius</a></font></font><br>







======================================<br>







</div>















<div> <br>







</div>















<div> <br>







</div>















<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>







From: 钟海洋 &lt;<a target="_blank">zhonghy14@lzu.edu.cn</a>&gt;<br>







To: dock-fans &lt;<a target="_blank">dock-fans@docking.org</a>&gt;<br>







Sent: Fri, Sep 2, 2016 6:59 am<br>







Subject: [Dock-fans] install question<br>







<br>







Hi guys,<br>







<br>







       I got this error message during the step 5 of installation (make test):<br>







<br>







../../../bin/multigrid_fp_gen.py rec.mol2 resid grid.in `grep -A 1 range_union important_residues.out | sed -e'/range_union/d' -e'/--/d' -e's/ //g' | tr ',' '\n' | sort -nu`<br>







/bin/sh: ../../../bin/multigrid_fp_gen.py: /usr/bin/python: bad interpreter: Permission denied<br>







make[2]: *** [fps_grids] Error 126<br>







<br>







       how to solve it and install dock6.7 correctly? I need your help.<br>







      <br>







                                                                  thanks<br>







                                                                         Haiyang<br>







_______________________________________________<br>







Dock-fans mailing list<br>







Dock-<a target="_blank">fans@docking.org</a><br>







<a target="_blank">http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans</a><br>







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</font></blockquote></div>






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