<div dir="auto">Cool. Glad it&#39;s working.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Dec 26, 2016 6:18 PM, &quot;Sacco, Michael&quot; &lt;<a href="mailto:michaelsacco@health.usf.edu">michaelsacco@health.usf.edu</a>&gt; wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>

<div id="m_-3132856609221258876divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Brian, <br>
<br>
Wow, thank you,I can&#39;t believe I missed that. Funny how we can look so deeply for the cause of a problem and it&#39;s often right in front of us. Anyways, thanks again, my docking can now proceed as planned. <br>
<br>
Best, <br>
Michael</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-3132856609221258876divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Brian Fochtman &lt;<a href="mailto:brianfochtman@gmail.com" target="_blank">brianfochtman@gmail.com</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Monday, December 26, 2016 2:59:57 PM<br>
<b>To:</b> Sacco, Michael<br>
<b>Subject:</b> Re: Dock 6 error</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Hi Michael,<br>
</div>
     Has anyone reached out to you yet? It looks like your rec_box just contains your selected spheres but that you are docking using another set of spheres rec.sph, some of which probably fall outside of the rec_box.  Is there a reason you aren&#39;t docking with
 seleted_spheres.sph?<br>
</div>
     -Brian<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Dec 21, 2016 at 4:20 PM, Sacco, Michael <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:michaelsacco@health.usf.edu" target="_blank">michaelsacco@health.usf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-3132856609221258876m_-51018124328140844divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">Mr. Fochtman,</span></p>
<p><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"><br>
</span></p>
<p><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">My name is Michael Sacco and I am a PhD student in the Chen lab at the University of South Florida College of Medicine. </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">I&#39;m currently
 encountering a problem with Dock 6.6 that I cannot resolve. I have spent a long time troubleshooting, yet I cannot figure out what is wrong. After submitting the dock6 command, I am receiving the following error message: </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"> </span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
<br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
</p>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">&quot;Elapsed time:  0 seconds</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"><br>
</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">ERROR:  Could not complete growth.</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">         Confirm that the grid box is large enough to contain the ligand,</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">         and try increasing max_orientations.</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"><br>
</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"><br>
</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">1 Molecules Processed</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">Total elapsed time:     0 seconds&quot;<br>
<br>
</div>
<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">I have tried changing the maximum number of orientations, set orient ligand to &quot;off&quot;, as well as followed the instructions that were offered online, all to no avail. Additionally,
 I tried docking a very small molecule and that did not fit either. My spheres are correctly placed, the box is of sufficient size, and the docking has been previously performed with Dock 3.5. I have attached my grid parameters, flexible docking input, receptor
 file, crystallized ligand, sphere file, and box file. I was wondering if you could take a look and let me know what you think? Any help would be greatly appreciated. </span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
<br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">
<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small">Thanks a lot, </span><span class="m_-3132856609221258876HOEnZb"><font color="#888888">
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small"><br>
Michael Sacco</div>
<br>
<p></p>
</font></span></div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div></div>