<div dir="ltr">Hi James,<div>   Which version of dock are you using - I&#39;ve worked on a feature to preserve planarity in amide bonds (that are labeled &#39;am&#39; in the mol2 file) and believe it may be implemented in the latest version of the code (6.8). If you do not have 6.8 you can use the following work around that I have had some success with:</div><div><br></div><div>Use the attached python script on your input ligand file and specify a temporary mol2 file that you will use for docking. Perform docking without a bmp filter using the temporary ligand file. Finally run the same python script on your output. The script attaches and removes &#39;dummy&#39; atoms which prevent sampling or minimization of torsion angles around double bonds and amides.</div><div><br></div><div><div style="font-size:12.8px"><div>      1.   python     <a href="http://2014.05.16_cyclize_db.py/" target="_blank">2017.07.24_cyclize_db.py</a>      input.mol2      temp_for_docking.mol2<br></div>      2.   run dock as you normally would except specify &quot;temp_for_docking.mol2&quot; from above as the ligand_atom_file<br></div><span style="font-size:12.8px">      3.   python      </span><a href="http://2014.05.16_cyclize_db.py/" target="_blank" style="font-size:12.8px">2017.07.24_cyclize_db.py</a><span style="font-size:12.8px">      output_scored.mol2       final_output_scored.mol2</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">-Brian</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 22, 2017 at 6:46 PM, James Foster (PG Research) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:j.r.foster@dundee.ac.uk" target="_blank">j.r.foster@dundee.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_4452500837712166889divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi,</p>
<p><span style="font-size:12pt"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size:12pt"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,&quot;Apple Color Emoji&quot;,&quot;Segoe UI Emoji&quot;,NotoColorEmoji,&quot;Segoe UI Symbol&quot;,&quot;Android Emoji&quot;,EmojiSymbols;font-size:16px">I recently tried to
 dock a molecule containing an amide and noticed it looked wrong. Does anyone know a way of conserving the planarity of amides?
</span></span><br>
</p>
<p><span style="font-size:12pt"><span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,&quot;Apple Color Emoji&quot;,&quot;Segoe UI Emoji&quot;,NotoColorEmoji,&quot;Segoe UI Symbol&quot;,&quot;Android Emoji&quot;,EmojiSymbols;font-size:16px"><br>
</span></span></p>
<p>Regards,</p>
<p>James</p>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Dock-fans mailing list<br>
<a href="mailto:Dock-fans@docking.org">Dock-fans@docking.org</a><br>
<a href="http://mailman.docking.org/mailman/listinfo/dock-fans" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.docking.org/<wbr>mailman/listinfo/dock-fans</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>