<font color='black' size='2' face='Arial, Helvetica, sans-serif'>
<div style="clear:both"> <font size="2">Hi Kellie,<br>
<br>
Yes.&nbsp; <br>
<br>
I assume that you have a structure of the receptor.&nbsp; Is that right?<br>
<br>
(1) Identify the site where you believe that the molecule binds.&nbsp; <br>
(2) select a central residue and save just that residue as a mol2 (alternatively you could calculate center of mass of a bunch of residues).&nbsp; <br>
(3)&nbsp; find the spheres that are close to</font><font size="2"><font size="2"> that residue.&nbsp; <br>
<br>
Follow the following tutorial.&nbsp; <br>
<br>
http://ringo.ams.stonybrook.edu/index.php/2017_DOCK_tutorial_1_with_PDB_4QMZ_NEW<br>
<br>
Use the central residue file instead of the ligand file.<br>
<br>
&nbsp;&gt;&gt; sphere_selector rec.sph ../01.dockprep/central_res.mol2 6.0<br>
</font></font><font size="2"><br>
You could use the GRID based footprint scoring function:<br>
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/dock6_manual.htm#MultiGridScore<br>
<br>
Here are some useful parameter:<br>
</font><ul><li class="style2"> multigrid_score_weights_text [no] (yes no): <br>

          #Flag for providing a textfile as input for the reference footprint.</li><ul><li class="style2"> multigrid_score_footprint_text [reference.txt] (): <br>

            #Name of the reference footprint input text file. </li></ul></ul><font size="2">Set these parameters as follows:&nbsp; </font><br>
<font size="2">&nbsp; multigrid_score_weights_text&nbsp; yes<br>
</font><font size="2">&nbsp; multigrid_score_footprint_text reference.txt<br>
<br>
You will need to define the strength of the interaction by hand. &nbsp; <br>
<br>
I am also sending this to dock-fans mailing list.<br>
<br>
I hope that this helps,<br>
<br>
Trent<br>
<br>
</font>======================================<br>
Trent E. Balius, PhD<br>
Postdoc, Shoichet Lab, <br>
Dept. Pharm. Chem., UCSF<br>
<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><span>Phone: </span></font></font><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><a value="+14155144289"><font size="-1" face="Arial, Helvetica, sans-serif">(415) 514-4253<br>
</font></a>URL: http://docking.org/~tbalius</font></font><br>
======================================<br>
</div>

<div> <br>
</div>

<div> <br>
</div>

<div style="font-family:arial,helvetica;font-size:10pt;color:black">-----Original Message-----<br>
From: hom &lt;hom@nmr.umaryland.edu&gt;<br>
To: Trent E. Balius &lt;tbalius@aol.com&gt;<br>
Sent: Thu, Aug 10, 2017 12:21 pm<br>
Subject: dock_6.8<br>
<br>
Dr. Balius,<br>
I am wondering if you could point me to find a protocol for docking of <br>
small molecules to protein, without a crystal structure of the <br>
complex, but by using NMR data as a guide to define the binding <br>
interaction.  I have chemical shift perturbation data for the protein upon <br>
binding to compound x and saturation-transfer data on compound x when <br>
bound to the protein.  We have a series of related compounds, and want to <br>
see if we could use dock (perhaps making use of the footprint scoring?) to <br>
help with drug design.  Thank you in advance.<br>
<br>
Kellie Hom<br>
NMR facility, School of Pharmacy<br>
University of Maryland, Baltimore<br>
<br>
</div>
</font>